לכנסים הבינלאומיים שמקיים מרכז דהאן מידי שנה, נלווית עבודה אקדמית של הוצאת קובץ מדעי. עד עתה יצאו מספר קבצים וביניהם הקבצים על קהילות יהודי צפון אפריקה, תוניסיה, תימן, קווקז והאישה במזרח.
בשלבי הוצאה לאור מצויים קבצים רבים נוספים וביניהם: מוסיקה ופיוט בקהילות ישראל, צרפת ורש”י, ספרד, לוב, איראן ועוד קבצים נוספים.
בימים אלה, זכה מרכז דהאן להכרה אקדמית להוצאת ספרים מדעיים והוענקו לו סמכויות של וועדת משנה להוצאת סדרת קבצים: “קהילה ומורשת”.
שנת תשע”ג, 2013
כינוס בינלאומי בנושא: “יהודים במרחבי הבלקן: הסטוריה, חברה ותרבות” הכנס יתקיים בימים א’-ד’ כ”ה-כ”ח בתשרי תשע”ד, 29/9-2/10/2013 , במרכז למורשת השואה בסקופיה, מקדוניה
שנת תשע”ב, 2012
כינוס בינלאומי בנושא: “יהודי לבנון – זהות ומורשת” הכנס התקיים בכ”ג באייר תשע”ב, 15 במאי 2012 הכנס התקיים בשיתוף עם מכון בן צבי והמשרד לאזרחים
שנת תשע”א, 2011
כינוס בינלאומי בנושא: “היהודים באיטליה: תרומתם ליצירה התרבותית היהודית ולהפצתה הכנס התקיים ב ו-י’ באלול תשע”א, 5-9 בספטמבר 2011, באוניברסיטת בולוניה (רוונה) ופירנצה, איטליה הכנס
שנת תשס”ט, 2009
נופים וכיסופים: ארץ ישראל בשירה ובפיוט, לזכרה של רחל דהאן ז”ל כ”ד-כ”ה באייר תשס”ט, 18-19 במאי 2009 יחודו של כנס זה בא לידי ביטוי בהתייחסות
שנת תשס”ח, 2008
יהודי אתיופיה: זהות, מורשת הסטוריה וחברה כ”א-כ”ב באייר תשס”ח, 26-27 במאי 2008 לאחר מס’ ימי עיון שקיים מרכז דהאן על יהודי אתיופיה במהלך השנים הראשונות
